一般我们对阿赖耶识的认识，都认为它是一个含藏种子的地方。它可以含藏轮回的种子，也可以含藏涅槃的种子，总之它是一切业种所放置的地方。所以它是一切妄念、习气置放的地方，阿赖耶识本身是无记。阿赖耶识它本质是智能，只是它没有办法显出智能的特性，而它处于一种混浊的状态，所以我们说它没有办法现出它的清净相，也就是智慧。但是清净相智智慧，也就是隐藏在它当中，这比喻就像是一盆混浊的水，水也有它干净的本质，就好像我们也有智慧聪明的状态是一样的。但是在剎那间迷妄了，所以智慧本质显不出来，所以混浊的状态是一种习气所积习的地方，这就是我们说的阿赖耶识。
　　所以含着很多沙尘的地方，就像我们说含藏着无明的阿赖耶识，进一步来说法身，智慧法身也就是不混浊的水，现出清净相的阿赖耶识。离混浊状态的水，我们比喻成智慧法身，所以我们常说觉空、智慧法身讲的是同一件事情，我们把智慧叫“耶谢”，这“耶谢”就是指本初智，在藏文中“耶”是指从本以来，“谢”是智慧，智慧是本来就有的，从本初就有的。心与智慧的差别是指，存在一种混浊迷妄的情况我们叫心，当心转迷成觉的时候叫智慧，所以我们说心和智慧，就好像我们说阿赖耶识和法身一样。
　　我们会常常认为说有情和佛是会有差别的，但是从认识心和智慧，阿赖耶识和法身的关系之后，就可以知道水是一样的，一个是混浊状态，一个是清净状态。也就是说有情和佛是一样的，一个是迷的状态，一个是悟的状态。但如果说它们完全没有分别，也不是正确的。就好像混水和净水一样是水，但是你不会把混水拿来喝，你会把净水拿来喝，同样佛与众生，你说它完全一样吗？但是又有些不一样，所以前面所说的阿赖耶识和法身，的确有些差别，如果对前面所说的法身智慧和心有兴趣的话，可以看《现观庄严论》，《现观庄严论》中关于身，就分三身、四身、五身，它有很细微的差别。