水疗法也是一种辅助性的治疗方法，同时也被西藏人视为日常保健养生的良法。
水疗对关节炎及痛症、胃病及多种妇女病症都有奇佳的治疗效果。
细分的话，水疗又分为天然及药浴两种，其中天然水疗又分为户外及温泉浴两种，而药浴又分为药水泡浴及蒸气浴。
一般来说，在大暑天去山谷中的溪涧沐浴也可说是一种原始的保健养生方法。在某些特殊日子，由于星体的位置及影响，户外河流、山涧及湖川的水及其中矿物会产生微妙的变化，在这些时间进行户外浸浴，对身体有一定的保健疗病作用。在西藏，很多人会在阴历八月的其中几天往河中浸浴玩耍。这既是一种养生的习惯，同时也演变成为一种习俗及节日。
温泉又可以分为很多类，主要的有五大种类，即石灰石泉、硫磺泉、五灵脂泉、矿石泉及寒水石泉。这五种泉水有共通的疗效，但各别又有独特的药效，其中有臭味者都对胃病及消化系统病症有特别显著之功用，而无臭味的温泉则对关节炎等病特别有奇效。进行温泉水疗并非如游客般偶尔浸几个小时就可以生效，必须由医师诊断及建议浸浴的细节，配合藏药内服及有营养的汤水。一个疗程大约需时三周，否则难见效用。在疗程期间，病人必须在晚上进行浸浴，每次只浸于热泉水中十数分钟至出汗，然后以厚被盖身小睡片刻，令身体发汗，把汗抹干后又再入泉浸泡，这样地一晚重复多次。在日间，必须好好睡眠休息及进食有营养的食物及汤水，例如中国广东地区的人常用的补身汤水就十分适合了。在日间泡温泉，虽然对身体并无损害，但却不会有最大的疗效。此外，在雨季并不宜进行温泉浴，因为泉水中会夹杂很多杂质，变成被污染了的泉水。在疗程中，病者或会呕吐、下泻或感到十分不适，这是正常的现像。如果疗效显著，病者应在一年后再重复进行温泉水疗，同样是三周疗程。
在西藏，有好几个出名的温泉。藏族会在某几个月份举家前往这些温泉区浸浴及露营玩耍，顺便在附近朝圣及观光。在印度的一个佛教圣地附近，也有一个疗效很好的温泉，这是衲所体验过的温泉中疗效最高的一个。此外，马来西亚吉隆坡附近、台北北投及阳明山等地的温泉都有相当不错的疗效。
药水泡浴比天然水疗来得简单易办，只需用草药煮成药浴水浸泡即可。最常用的药水浴疗配方是“五味甘露”，以柏叶等五种草药合煮而成，但现在市面上也有已制成之药散成品，只需加入水中煮沸即成。“五味甘露”的气味淡香，有止痛、消炎、活血及发汗的功用，适用于皮肤病、风湿、麻痹、关节炎及疼痛等病况，又可加配其它药材用来医治其它病症。
进行药水浸浴相当简单：以略热的药水注入浴缸，病者浸浴其中约十多分钟至出汗，然后以厚被盖身小睡待发汗，每天这样地进行几次，连续一至三周为一个疗程。
有高血压的人，在进行温泉或药水浴时要特别小心。此外，患热症、眼病、体弱、患瘟症及心脏病的人不宜进行温泉或药水浴疗。
蒸气药浴所用的药与药水浸浴所用的相同，亦即上述的“五味甘露”配方，亦可另外加配专治某种病症的药材。蒸气浴的方法非常简单：把热的药水放于极小的封闭房间中，病者坐在里面即可。衲在见识过西方的蒸气浴室后，曾经有一个构思：配合西方可供多人同时享用的蒸气浴室及藏医的“五味甘露”配方，在浴室内分成多间小型蒸气房，每间输入加入了不同配药的“五味甘露”蒸气，就成为了有不同疗效的多个蒸气浴房，例如分为专医妇科病、胃病、关节炎等之房间，病者可以依自己病况性质选择适用的房间，而一间浴房又可同时医治多个病者。“五味甘露”本身气味淡香，并不会令人难受。健康的人也可以使用这种蒸气浴室，作为日常保健及松驰活动。可惜衲只是空有这个奇想，却未付诸实行。
蒸气浴疗对妇科病及产后不调等情况尤其有效，而且又适用于年老体弱及食欲不振的病者。
