觉囊派所说之胜义有，具体指的是自心本性的如来藏。如来藏为园成实，园成实具有三相，光明、自觉(自证)，离戏。(《知识总汇》中511-544页)。此为诸法之法性。如来藏就是法性、觉性、佛性。佛与众生同具，它名为因时果时无有分别之见，此为胜义法性。“胜义法性是何者?非是冥顽乃觉性”(《了义海论》233页)。
　　法性周遍法界，含裹十方，如来藏如虚空，非任何所成，常不思议，本自园成，“遍”指空明法性遍一切法。如来藏本性光明，有时说“空色”，或“空色光明”。自觉，指自心本性(灵性)。离戏指本来清净，远离言思戏论，在密乘中还加“大乐”。光明大乐均为佛的受用境界，成佛非成一个寂灭无为，故说胜义不空。
　　觉囊派说如来藏“遍”一切情器(62)，虽说如来藏如虚空，但非空空洞洞之空，如来藏是法身，有自觉智，能遍照一切情器世间是界觉无别之光明觉性。如来藏何以能遍，因为如来藏是万有之法界，没有一法不包括在法界中，万有包罗在法身，法界中，平等园融。(《文选》224页)。故如来藏又是万有之所依或根子，在染为染根，在净为净根，染净均是如来藏一根，此根名为元始之根。这是染净同源的思想。
　　如来藏为万有之根。在染时之根则名为阿赖耶识，为无明种子习气杂染之依托处，是烦恼根，阿赖耶为有为法，随万有生灭转变，故转识成智，妄识自空，作为万有所依之根本是无为法，不变动则恢复本面，所谓阿赖耶有识智之分，转识之根，称为净根，染净都是一根，又名为根之根，实即仅是
一如来藏分位(63)所立之名，所以并没有有为转为无为的问题。(《文选》207页)。
　　他派说佛只证寂灭，则成佛只证空性，胜义世俗一齐空，成毕竟空，把如来藏也空了，世俗万有失去依托之处，前后世业力谁来负荷?佛性的身智归空，即佛性成为断灭，无智无德(64)成佛何用?求出离解脱，契证佛果，皆成无有意义之事。所谓寂灭是指忽尔垢障清净之相，非是寂灭断空。
　　故如来藏为万法之根，绝不可空，如来藏遍情器，但它是无为法，不参加有为之万法的造作，故如来藏对万有，也不是本体与现象的关系。
　　如来藏如虚空，非空无一物，有智慧不二智，此为本具，非缘生法，若因缘生法终有断灭。故如来藏智慧则为甚深之空性，乃真常之自性(《了义海论》234、236、238页)。为本元之法界。
　　如来藏自性为自觉智，或称不二智，此即众生之觉性，佛与众生仅是迷悟之差，他们说二取空后之根不可空，如证二取空，谁知证了空性，知此即是自觉智，若无此智则成顽空(65)断空。自觉智是有，此颇苻合诸大续部(66)之旨趣(《知识总汇》中550)。能所二取，是虚妄分别，是客尘，有始有终之法，属自空。而剩下的即此自觉智，属本具，真常自性，是为如来藏脱去所裹秽衣，离去世俗之染即为胜义如来藏。如来藏之自觉智即为佛性，是由悟得来的，不是由修得来的。
　　龙树说，轮回与涅槃，无有稍分别，涅槃与轮回，亦无少分别。“忽尔垢所障，除障即成佛”(《了义海论》46页)。指一悟即了。《密严经》云：“如来清净藏，世间阿赖耶，如金与指环，展转无差别”。阿赖耶摄持之功力，即如来藏之功力，阿赖耶是真相识之所转变，真相识即如来藏，《楞严经》说：“一切世间诸所有物，皆是菩提妙明元心，心精遍园，含裹十方”。一切虚妄分别去了，才能显露出如来藏包含宇宙万有之真机的真本面。
　　说毕竟空者，认为一切皆空，他们忽略了如来藏的秘奥和自觉之妙智。不管真妄心，心皆非若木石，有灵明妙觉，称为不二智，即明空双运之智也(《了义海论》233页)、(《他空精义》234页)。
　　以上这些说法与宁玛、噶举颇为一致，但如何契证，宁玛噶举是主张顿悟，而觉囊即认为须通过密法的甚深方便始能得悟。