自然保护区是就地保护生态系统的最重要方式，青海省已建立省、国家级自然保护区8个，占其面积的28．53％，远高于全国自然保护区面积占国土面积15％的水平。青海省的生态环境直接关系到我国水资源(三江源)、生物多样性资源的保护，属于我国保护生态安全的重点地区。但是，从目前情况看，以自然保护区为依托的生态环境保护状况仍存在诸多问题，生态环境恶化的趋势尚未得到有效遏制。
据了解，青海省草地植被退化、湿地萎缩，土地荒漠化分布面积的扩大，导致了野生动植物生存环境的恶化以及分布区域的缩小，而人类对野生动物的乱捕滥猎和对虫草等药用植物的大肆采掘，使区内青藏高原特有动植物种群数量大为减少，一些物种甚至濒l临灭绝。境内濒临灭绝危险的生物物种约占总数的15—20％，明显高于世界1O一15％的平均水平。我国是《生物多样性公约》的签约国，青藏高原的生物多样性资源不仅十分丰富，而且由于其生存环境的特殊性，很多物种只限于这一环境范围，因此被称为青藏高原特有种。生物多样性是维护生态平衡的基础，动植物物种的减少直接危及生态环境的自我维系功能。
据调查，可可西里以藏羚羊为主的高原动物经过休养生息，种群恢复较快，但是偷猎盗捕的现象并未禁绝近年来，该地区核心地带鼠害严重，直接造成草场退化和与藏羚羊等动物争食的问题。
此外，可可西里“无人区”的状况也发生了变化，一些牧民已进入该地区放牧，占据了一些藏羚羊的栖息地和重要的水源涵养区，对保护区藏羚羊等野生动物赖以生存的原始生态环境造成不利影响。这种家畜和野生动物共生的现象，也提供了相互交配的可能性，其后果会在某种程度上造成高原野生动物物种的变异，对生物多样性在物种、基因、遗传方面的原生形态造成威胁。
在青海湖自然保护区域内，湖畔沙化、水位下降、水体分裂等问题严重，特产湟鱼资源也大量减少，“鱼鸟共生”的生态平衡遭到破坏。
